Sieć monitoringu jezior na lata 2013-2015 tworzą 34 JCWP jeziorne. Zgodnie z „Programem Państwowego Monitoringu Środowiska Województwa Zachodniopomorskiego na lata 2013-2015” - 4.2. Podsystem monitoringu jakości wód w latach 2013-2015 w wytypowanych do badań JCWP jeziornych realizowany jest monitoring diagnostyczno-reperowy, diagnostyczny, operacyjny, badawczy oraz monitoring obszarów chronionych.

Monitoringiem diagnostycznym (w ciągu tych trzech lat) zostały objęte 34 JCWP jeziorne, z których 27 położonych jest na obszarach chronionych (Natura 2000, obszary przeznaczone do rekreacji). Dwa jeziora należące od sieci reperowej (monitoring diagnostyczno-reperowy) będą w latach 2013-2015 badane coroczne, natomiast pozostałe – jeden raz w cyklu pomiarowym.

Spośród jezior wybranych do sieci diagnostycznej do monitoringu operacyjnego włączone zostaną te jeziora, które były w przeszłości lub są obecnie obciążone zanieczyszczeniami z sektora komunalnego.

Monitoringiem badawczym zostaną objęte punkty pomiarowe zlokalizowane na jeziorach silnie rozczłonowanych, w których stwierdzono potrzebę zebrania dodatkowych danych o ich jakości.  

Ocena stanu jednolitych części wód jeziornych objętych monitoringiem jest wykonywana corocznie w roku następującym po rocznym cyklu pomiarowym.

W roku 2013 sporządzona została zbiorcza weryfikacja ocen stanu ekologicznego oraz stanu chemicznego jednolitych części wód jeziornych badanych w latach 2010-2012. Weryfikację tą przeprowadził Instytut Ochrony Środowiska na zlecenie Głównego Inspektora Ochrony Środowiska, w oparciu o wytyczne Głównego Inspektora Ochrony Środowiska.